Nằm trên địa bàn xã Minh Châu, huyện Diễn Châu, tỉnh Nghệ An, chùa Cổ Am hiện nay có quy mô rộng lớn. Ngôi chùa là một quần thể gồm cả chùa cổ trên núi và nhiều hạng mục nằm dưới chân ngọn núi đá cao sừng sững, giữa màu xanh ngát của thiên nhiên. Sự bề thế này là kết quả của một quá trình quy hoạch và đại trùng tu. 

Cổ Am vốn là một ngôi chùa cổ có lịch sử hơn 600 năm, được xây dựng từ thời Hậu Lê, thế kỷ XV. Ban đầu, chùa chỉ là một cái am nhỏ trên núi đá được gọi là Am Sơn tự. Đến cuối thời Hậu Lê, ngôi chùa được di dời xuống chân núi và đổi tên thành Hương Phúc tự, rồi Hương Linh tự. Sau này, vào đời vua Minh Mạng thứ 11, chùa được chuyển về vị trí cũ trên lưng chừng núi với tên gọi Cổ Am tự như ngày nay. 

Ngôi chùa Cổ Am xưa ở trên núi cũng đã được trùng tu lại với nét kiến trúc còn được giữ theo lối cổ. Công trình này giờ đây trở thành thượng điện trong quy hoạch tổng thể chùa Cổ Am hiện nay.